ルートディレクトリとはどこのことを言うのでしょうか?
よくわからないので教えてください。
WEBツール設置時に指定されているルートディレクトリとは、
通常、ご使用になる(ツールを設置する)ドメインの一番上の階層のこと指します。
そしてルートディレクトリは、ご利用されているレンタルサーバーによっても異なりますし、
サーバーの使い方でも変わって来ます。
各レンタルサーバーごとには最低限のルールがあり、難しいことではありません。
要は、「どこのフォルダに何のドメインを割り当てているのか」をご自身で
把握さえ出来てしまえば何も問題はなくなります。
ルートディレクトリに関する詳しい説明はこちらの記事を参照してください。
またこのページから、「主要レンタルサーバーのルートディレクトリ解説PDF」も
ダウンロードできますので、宜しければ参考にしてください。